Orgulje u našoj crkvi jedne su od rijetkih velikih koncertnih mehaničkih orgulja u Zagrebu. Postavljene su u studenom 2001. godine, a djelo su poznatog graditelja Wolfganga Juliusa Brauna. Nakon onih u Katedrali, te su orgulje najvrijednije u Zagrebu. Prema riječima bivšeg župnika Zvonimira Sekelja: "Stare orgulje su bile male, a kako naša župa ima bogatu i dugogodišnju glazbenu tradiciju, odlučili smo uložiti novac u poseban instrument. Projektirane su u skladu s površinom i prostorom naše crkve. Izrada u majstorovoj radionici trajala je oko godinu dana, a samo postavljanje oko šest mjeseci." Orgulje su smještene u tri ormara (dva velika i jedan manji) i građene tehnikom gradnje instrumenata iz doba baroka. Djeluju impresivno zbog veličine ormara, te baroknih ukrasa i rezbarija na njima. Imaju tri manuala (reda tipki) i 40 zvučnih registara. Zvuk nastaje mehaničkim putem, što znači da se pritiskom na tipku pokreće sustav drvenih letvica koje otvaraju registar i stvaraju struju zraka.
